这次游戏的男主角不再是系列前几作的主人公索拉,而是在《王国之心2》中登场,与索拉有着密切关系的罗克萨斯。本作的故事发生在初代《王国之心》(KH1)和《王国之心2》(KH2)之间,在时间跨度上来说包含了掌机上的前作《王国之心 记忆之链》(KHCoM)的时间范围,可以看作是同时发生的另一个地方的故事。<br>罗克萨斯诞生於KH1的後期,诞生之後的他被13机关的首领——机关1号杰姆那斯给予了新的名字并带进机关,交由机关8号阿克塞尔带领。进入机关之後的洛克萨斯跟随前辈们完成了很多任务,在阿克塞尔的培养下,他逐渐成长了起来,也变得越来越有机关成员的风范了。<br>有一天,又一名新成员加入了,在以往的作品中都未曾提及的,机关第14号·希恩……